Sołectwo Staniątki położone jest w centralnej partii zachodniej części Kotliny Sandomierskiej, na pograniczu mezoregionów Doliny Wisły i Wysoczyzny Wielicko-Gdowskiej. Wieś dzieli się na Staniątki górne i dolne. Na południowo-wschodnim skraju wsi znajduje się las zwany Winnicą (253 m n.p.m.). Wzniesienie porasta las mieszany i jest to pozostałość po Puszczy Niepołomickiej, obecnie Winnica przedzielona jest autostradą. Pas północny i południowy wsi tworzą w większości podmokłe, zmeliorowane łąki.
W szerokim południowym obniżeniu płynie potok Samica (zwany obecnie Podłężańką). Środkową część wsi stanowi wydłużone wzniesienie. Staniątki otacza od północnej strony Puszcza Niepołomicka, stykając się z wsią od strony przystanku PKP i rozciągając się aż do ul. Podlaskiej.
